Dal 1993 la Fondazione conferisce annualmente il “Premio di Storia letteraria Natalino Sapegno” a uno studioso, individuato dal Comitato scientifico, distintosi per il suo apporto agli studi letterari. In quell’occasione il Premiato è solito tenere una lezione magistrale, affiancata da due o più interventi.

Gli atti della Giornata Sapegno vengono raccolti nella collana “Lezioni Sapegno”.

Fra il 2014 e il 2018 il Premio Sapegno è stato organizzato con cadenza biennale e alternato al Premio Rosanna Bettarini.